| 2. Journée | 05.08.2000 | VfB Stuttgart II | - | Bayern München II | 4:1 | ||||
| 4. Journée | 19.08.2000 | 1. FC Schweinfurt 05 | - | Bayern München II | 0:0 | ||||
| 9. Journée | 24.09.2000 | Bayern München II | - | TSV 1860 München II | 0:0 | ||||
| 10. Journée | 30.09.2000 | Karlsruher SC | - | Bayern München II | 3:0 | ||||
| 16. Journée | 11.11.2000 | Rot-Weiß Erfurt | - | Bayern München II | 2:5 | ||||
| 17. Journée | 19.11.2000 | Bayern München II | - | SC Pfullendorf | 2:1 | ||||
| 18. Journée | 25.11.2000 | VfR Mannheim | - | Bayern München II | 4:1 | ||||
| 19. Journée | 03.12.2000 | Bayern München II | - | VfB Stuttgart II | 3:0 | ||||
| 23. Journée | 11.03.2001 | Bayern München II | - | SV Wehen-Taunusstein | 0:1 | ||||
| 24. Journée | 17.03.2001 | FC Carl Zeiss Jena | - | Bayern München II | 1:1 | ||||
| 26. Journée | 08.04.2001 | TSV 1860 München II | - | Bayern München II | 0:3 | ||||
| 28. Journée | 21.04.2001 | SV 07 Elversberg | - | Bayern München II | 1:3 | ||||
| 33. Journée | 23.05.2001 | Bayern München II | - | Rot-Weiß Erfurt | 4:2 | ||||
| 34. Journée | 26.05.2001 | SC Pfullendorf | - | Bayern München II | 0:1 |
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