| 7. Journée | 09.09.2006 | Doncaster Rovers | - | Gillingham FC | 1:2 |  |
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| 8. Journée | 12.09.2006 | Gillingham FC | - | Millwall FC | 2:1 | |
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| 9. Journée | 16.09.2006 | Gillingham FC | - | Swansea City | 3:1 | ||||
| 10. Journée | 23.09.2006 | Oldham Athletic | - | Gillingham FC | 4:1 | ||||
| 11. Journée | 26.09.2006 | Leyton Orient | - | Gillingham FC | 3:3 | |
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| 12. Journée | 30.09.2006 | Gillingham FC | - | Cheltenham Town | 2:1 | ||||
| 13. Journée | 07.10.2006 | Crewe Alexandra | - | Gillingham FC | 4:3 | ||||
| 14. Journée | 14.10.2006 | Gillingham FC | - | Nottingham Forest | 0:1 | ||||
| 15. Journée | 21.10.2006 | Brentford FC | - | Gillingham FC | 2:2 |
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