| 3. Journée | 17.03.2016 | FK Jonava | - | Kauno Žalgiris | 2:2 | ||||
| 4. Journée | 20.03.2016 | FK Jonava | - | FK Atlantas | 0:1 | ||||
| 6. Journée | 10.04.2016 | FK Jonava | - | FK Trakai | 0:1 | ||||
| 7. Journée | 16.04.2016 | FC Stumbras | - | FK Jonava | 2:0 | ||||
| 8. Journée | 20.04.2016 | FK Sūduva | - | FK Jonava | 3:0 |  |
|||
| 9. Journée | 26.04.2016 | FK Jonava | - | Utenis Utena | 1:0 | ||||
| 10. Journée | 04.05.2016 | Kauno Žalgiris | - | FK Jonava | 1:5 | ||||
| 12. Journée | 18.05.2016 | FK Jonava | - | FK Žalgiris | 0:1 | ||||
| 13. Journée | 22.05.2016 | FK Trakai | - | FK Jonava | 3:0 | ||||
| 14. Journée | 08.06.2016 | FK Jonava | - | FC Stumbras | 2:2 | ||||
| 15. Journée | 16.06.2016 | FK Jonava | - | FK Sūduva | 1:1 | ||||
| 16. Journée | 22.06.2016 | Utenis Utena | - | FK Jonava | 3:1 | |
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| 17. Journée | 14.07.2016 | FK Jonava | - | Kauno Žalgiris | 3:2 |
Ouganda