| 1. Journée | 16.08.2008 | FC Oberneuland | - | Altona 93 | 2:1 |  |
|||
| 3. Journée | 30.08.2008 | Hannover 96 II | - | Altona 93 | 0:2 | ||||
| 4. Journée | 13.09.2008 | Altona 93 | - | Holstein Kiel | 1:6 | ||||
| 10. Journée | 12.10.2008 | Altona 93 | - | VFC Plauen | 2:0 | ||||
| 8. Journée | 18.10.2008 | Altona 93 | - | Hertha BSC II | 3:0 | ||||
| 20. Journée | 28.02.2009 | Altona 93 | - | Hannover 96 II | 0:3 | ||||
| 23. Journée | 21.03.2009 | Hallescher FC | - | Altona 93 | 2:0 | ||||
| 24. Journée | 28.03.2009 | Altona 93 | - | Hamburger SV II | 1:3 | ||||
| 19. Journée | 01.04.2009 | Chemnitzer FC | - | Altona 93 | 1:1 | ||||
| 26. Journée | 18.04.2009 | Altona 93 | - | VfL Wolfsburg II | 0:1 | |
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| 28. Journée | 02.05.2009 | Altona 93 | - | Sachsen Leipzig | 2:1 | ||||
| 31. Journée | 20.05.2009 | 1. FC Magdeburg | - | Altona 93 | 4:1 | ||||
| 32. Journée | 23.05.2009 | Altona 93 | - | Energie Cottbus II | 2:2 |
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