| 5. Journée | 28.08.2016 | FC Schönberg 95 | - | Wacker Nordhausen | 3:1 | ||||
| 6. Journée | 09.09.2016 | Wacker Nordhausen | - | FC Viktoria 1889 Berlin | 0:5 | ||||
| 15. Journée | 25.11.2016 | Hertha BSC II | - | Wacker Nordhausen | 1:1 |  |
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| 16. Journée | 04.12.2016 | Wacker Nordhausen | - | Energie Cottbus | 0:0 | ||||
| 21. Journée | 19.02.2017 | RB Leipzig II | - | Wacker Nordhausen | 0:1 | ||||
| 22. Journée | 24.02.2017 | Wacker Nordhausen | - | FC Schönberg 95 | 3:2 | ||||
| 23. Journée | 04.03.2017 | FC Viktoria 1889 Berlin | - | Wacker Nordhausen | 2:1 |  |
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| 25. Journée | 19.03.2017 | ZFC Meuselwitz | - | Wacker Nordhausen | 0:0 | |
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| 19. Journée | 22.03.2017 | FC Oberlausitz | - | Wacker Nordhausen | 0:1 | ||||
| 18. Journée | 29.03.2017 | Wacker Nordhausen | - | SV Babelsberg 03 | 3:2 | |
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| 26. Journée | 01.04.2017 | Wacker Nordhausen | - | VfB Auerbach | 0:2 | ||||
| 17. Journée | 05.04.2017 | FSV 63 Luckenwalde | - | Wacker Nordhausen | 2:0 | |
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| 27. Journée | 09.04.2017 | FSV Budissa Bautzen | - | Wacker Nordhausen | 0:1 | |
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| 28. Journée | 13.04.2017 | Wacker Nordhausen | - | FC Carl Zeiss Jena | 2:4 |
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