| 5. Journée | 17.09.2012 | 1. FC Köln | - | FC St. Pauli | 0:0 | ||||
| 6. Journée | 21.09.2012 | 1. FC Union Berlin | - | 1. FC Köln | 2:1 | ||||
| 7. Journée | 25.09.2012 | 1. FC Köln | - | FSV Frankfurt | 2:1 | ||||
| 8. Journée | 28.09.2012 | SC Paderborn 07 | - | 1. FC Köln | 1:2 | ||||
| 9. Journée | 08.10.2012 | 1. FC Köln | - | Dynamo Dresden | 1:1 | ||||
| 10. Journée | 20.10.2012 | Jahn Regensburg | - | 1. FC Köln | 2:3 |  |
|||
| 11. Journée | 26.10.2012 | 1. FC Köln | - | 1. FC Kaiserslautern | 3:3 | ||||
| 13. Journée | 09.11.2012 | 1. FC Köln | - | MSV Duisburg | 0:0 |  |
|||
| 15. Journée | 23.11.2012 | 1. FC Köln | - | VfL Bochum | 3:1 | ||||
| 16. Journée | 29.11.2012 | Hertha BSC | - | 1. FC Köln | 1:1 | |
|||
| 17. Journée | 02.12.2012 | 1. FC Köln | - | FC Ingolstadt 04 | 1:0 | ||||
| 19. Journée | 14.12.2012 | SV Sandhausen | - | 1. FC Köln | 0:0 | ||||
| 22. Journée | 18.02.2013 | FC St. Pauli | - | 1. FC Köln | 0:1 | ||||
| 23. Journée | 23.02.2013 | 1. FC Köln | - | 1. FC Union Berlin | 2:0 | ||||
| 33. Journée | 12.05.2013 | 1. FC Köln | - | Hertha BSC | 1:2 | ||||
| 34. Journée | 19.05.2013 | FC Ingolstadt 04 | - | 1. FC Köln | 0:3 |
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