| 19. Journée | 16.03.2009 | FC Lugano | - | FC Wil 1900 | 0:2 | ||||
| 21. Journée | 02.04.2009 | FC Stade Nyonnais | - | FC Wil 1900 | 1:0 | ||||
| 22. Journée | 09.04.2009 | Servette FC | - | FC Wil 1900 | 1:1 | ||||
| 23. Journée | 18.04.2009 | FC Wil 1900 | - | FC La Chaux-de-Fonds | 1:0 | ||||
| 24. Journée | 22.04.2009 | FC Wil 1900 | - | FC Winterthur | 1:1 | ||||
| 25. Journée | 26.04.2009 | FC Concordia Basel | - | FC Wil 1900 | 3:4 | ||||
| 26. Journée | 03.05.2009 | FC Wil 1900 | - | FC St. Gallen | 1:1 | ||||
| 27. Journée | 09.05.2009 | Yverdon Sport FC | - | FC Wil 1900 | 1:1 | ||||
| 28. Journée | 16.05.2009 | FC Wil 1900 | - | FC Thun | 2:0 | ||||
| 29. Journée | 23.05.2009 | FC Wil 1900 | - | FC Biel/Bienne | 3:0 | ||||
| 30. Journée | 30.05.2009 | FC Locarno | - | FC Wil 1900 | 0:1 |
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