| 3. Journée | 16.08.1998 | SC Paderborn 07 | - | Sportfreunde Siegen | 0:0 | ||||
| 4. Journée | 23.08.1998 | FC Remscheid | - | SC Paderborn 07 | 1:4 | ||||
| 5. Journée | 30.08.1998 | SC Paderborn 07 | - | Alemannia Aachen | 2:0 | ||||
| 6. Journée | 06.09.1998 | FSV Salmrohr | - | SC Paderborn 07 | 1:1 | ||||
| 7. Journée | 13.09.1998 | SC Paderborn 07 | - | FC 08 Homburg | 3:0 | ||||
| 8. Journée | 20.09.1998 | Bayer Leverkusen II | - | SC Paderborn 07 | 0:1 |  |
|||
| 9. Journée | 27.09.1998 | SC Paderborn 07 | - | SC Verl | 2:2 | ||||
| 12. Journée | 18.10.1998 | SpVgg Erkenschwick | - | SC Paderborn 07 | 0:6 | ||||
| 13. Journée | 25.10.1998 | SC Paderborn 07 | - | Wuppertaler SV | 1:0 | ||||
| 15. Journée | 08.11.1998 | SC Paderborn 07 | - | Eintracht Trier | 2:1 | ||||
| 16. Journée | 15.11.1998 | Borussia Dortmund II | - | SC Paderborn 07 | 0:3 |  |
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| 14. Journée | 21.11.1998 | LR Ahlen | - | SC Paderborn 07 | 3:1 | ||||
| 17. Journée | 29.11.1998 | SC Paderborn 07 | - | 1. FC Saarbrücken | 3:1 | ||||
| 20. Journée | 20.12.1998 | Sportfreunde Siegen | - | SC Paderborn 07 | 1:0 |
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