| 17. Journée | 20.10.2018 | Avangard Kursk | - | FK Tom Tomsk | 0:0 | ||||
| 20. Journée | 04.11.2018 | FK Tom Tomsk | - | FK Khimki | 2:0 | ||||
| 22. Journée | 14.11.2018 | Zenit St. Petersburg 2 | - | FK Tom Tomsk | 0:1 | ||||
| 23. Journée | 18.11.2018 | Rotor Volgograd | - | FK Tom Tomsk | 0:0 | ||||
| 25. Journée | 03.03.2019 | FK Torpedo Armavir | - | FK Tom Tomsk | 0:0 |  |
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| 28. Journée | 24.03.2019 | FK Tom Tomsk | - | Mordovia Saransk | 1:0 | ||||
| 29. Journée | 30.03.2019 | FK Tyumen | - | FK Tom Tomsk | 1:2 | ||||
| 30. Journée | 07.04.2019 | FK Tom Tomsk | - | FK Tambov | 1:1 |  |
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| 31. Journée | 13.04.2019 | FK Chertanovo | - | FK Tom Tomsk | 1:1 | ||||
| 32. Journée | 20.04.2019 | FK Tom Tomsk | - | Luch Vladivostok | 0:0 | ||||
| 33. Journée | 24.04.2019 | Sibir Novosibirsk | - | FK Tom Tomsk | 1:0 | ||||
| 34. Journée | 28.04.2019 | FK Sochi | - | FK Tom Tomsk | 3:1 | |
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| 36. Journée | 11.05.2019 | Shinnik Yaroslavl | - | FK Tom Tomsk | 1:0 | |
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| 38. Journée | 25.05.2019 | Fakel Voronezh | - | FK Tom Tomsk | 0:0 |
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