| 2. Journée | 02.09.2006 | Real Madrid Castilla | - | Hércules CF | 0:3 |  |
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| 3. Journée | 10.09.2006 | Hércules CF | - | UD Vecindario | 1:0 | ||||
| 5. Journée | 23.09.2006 | Hércules CF | - | Real Murcia | 0:1 | ||||
| 6. Journée | 01.10.2006 | UD Almería | - | Hércules CF | 3:0 | ||||
| 7. Journée | 08.10.2006 | Hércules CF | - | Cádiz CF | 0:1 | |
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| 8. Journée | 14.10.2006 | CD Castellón | - | Hércules CF | 0:0 | ||||
| 9. Journée | 22.10.2006 | UD Salamanca | - | Hércules CF | 2:2 | |
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| 10. Journée | 28.10.2006 | Hércules CF | - | CD Alavés | 3:1 | ||||
| 11. Journée | 04.11.2006 | Albacete | - | Hércules CF | 0:1 | |
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| 12. Journée | 11.11.2006 | Hércules CF | - | CD Numancia | 2:0 | ||||
| 13. Journée | 18.11.2006 | Sporting Gijón | - | Hércules CF | 1:0 | |
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| 15. Journée | 03.12.2006 | Ciudad de Murcia | - | Hércules CF | 2:1 | ||||
| 16. Journée | 09.12.2006 | Hércules CF | - | Polideportivo Ejido | 1:0 | |
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| 17. Journée | 17.12.2006 | Xerez CD | - | Hércules CF | 0:2 | |
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| 18. Journée | 21.12.2006 | Hércules CF | - | Real Valladolid | 2:2 | |
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