| 11. Journée | 16.09.2006 | Wacker Burghausen II | - | 1. FC Eintracht Bamberg | 1:3 | ||||
| 12. Journée | 23.09.2006 | FC Memmingen | - | Wacker Burghausen II | 0:0 | ||||
| 13. Journée | 30.09.2006 | Wacker Burghausen II | - | 1. SC Feucht | 0:0 | ||||
| 14. Journée | 03.10.2006 | SV Heimstetten | - | Wacker Burghausen II | 3:1 | ||||
| 15. Journée | 14.10.2006 | Wacker Burghausen II | - | TSV Aindling | 1:1 | ||||
| 16. Journée | 21.10.2006 | Würzburger FV | - | Wacker Burghausen II | 3:2 | ||||
| 17. Journée | 28.10.2006 | Wacker Burghausen II | - | 1. FC Nürnberg II | 1:2 | ||||
| 18. Journée | 04.11.2006 | FC Ismaning | - | Wacker Burghausen II | 2:2 | ||||
| 19. Journée | 11.11.2006 | Wacker Burghausen II | - | SpVgg Bayreuth | 2:3 | ||||
| 20. Journée | 18.11.2006 | Wacker Burghausen II | - | VfL Frohnlach | 1:2 | ||||
| 21. Journée | 25.11.2006 | SC Fürstenfeldbruck | - | Wacker Burghausen II | 2:1 | ||||
| 22. Journée | 02.12.2006 | Wacker Burghausen II | - | Jahn Regensburg | 2:5 |  |
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