| 4. Journée | 26.08.2012 | Schwarz-Weiß Rehden | - | FC St. Pauli II | 1:1 | ||||
| 12. Journée | 21.10.2012 | FC St. Pauli II | - | Hamburger SV II | 1:1 | ||||
| 10. Journée | 30.10.2012 | FC St. Pauli II | - | SV Meppen | 0:4 | ||||
| 14. Journée | 04.11.2012 | FC St. Pauli II | - | ETSV Weiche Flensburg | 1:2 | ||||
| 15. Journée | 11.11.2012 | Hannover 96 II | - | FC St. Pauli II | 7:0 | ||||
| 16. Journée | 17.11.2012 | FC St. Pauli II | - | TSV Havelse | 2:1 | ||||
| 17. Journée | 25.11.2012 | VfR Neumünster | - | FC St. Pauli II | 2:1 | ||||
| 18. Journée | 01.12.2012 | BV Cloppenburg | - | FC St. Pauli II | 0:2 |  |
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| 20. Journée | 03.02.2013 | SV Wilhelmshaven | - | FC St. Pauli II | 4:1 | |
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| 24. Journée | 02.03.2013 | FC St. Pauli II | - | VfL Wolfsburg II | 1:2 | ||||
| 25. Journée | 09.03.2013 | Goslarer SC | - | FC St. Pauli II | 0:1 | ||||
| 27. Journée | 24.03.2013 | SV Meppen | - | FC St. Pauli II | 1:2 | ||||
| 29. Journée | 13.04.2013 | Hamburger SV II | - | FC St. Pauli II | 1:2 | ||||
| 33. Journée | 12.05.2013 | TSV Havelse | - | FC St. Pauli II | 0:0 | ||||
| 21. Journée | 18.05.2013 | FC St. Pauli II | - | Schwarz-Weiß Rehden | 3:5 | |
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| 34. Journée | 25.05.2013 | FC St. Pauli II | - | VfR Neumünster | 4:1 | |
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