| 1. Journée | 25.07.2009 | FC Carl Zeiss Jena | - | SV Wehen Wiesbaden | 2:1 | ||||
| 3. Journée | 09.08.2009 | FC Carl Zeiss Jena | - | Bayern München II | 6:0 |  |
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| 4. Journée | 15.08.2009 | Erzgebirge Aue | - | FC Carl Zeiss Jena | 0:0 | ||||
| 5. Journée | 23.08.2009 | FC Carl Zeiss Jena | - | Rot-Weiß Erfurt | 0:3 | ||||
| 6. Journée | 29.08.2009 | VfL Osnabrück | - | FC Carl Zeiss Jena | 2:0 | ||||
| 7. Journée | 02.09.2009 | FC Carl Zeiss Jena | - | Borussia Dortmund II | 2:1 | ||||
| 8. Journée | 05.09.2009 | Holstein Kiel | - | FC Carl Zeiss Jena | 0:1 | ||||
| 9. Journée | 12.09.2009 | FC Carl Zeiss Jena | - | Wacker Burghausen | 0:0 | ||||
| 11. Journée | 26.09.2009 | FC Carl Zeiss Jena | - | Werder Bremen II | 2:2 | ||||
| 13. Journée | 17.10.2009 | FC Carl Zeiss Jena | - | FC Ingolstadt 04 | 2:0 | ||||
| 14. Journée | 25.10.2009 | SpVgg Unterhaching | - | FC Carl Zeiss Jena | 3:1 | ||||
| 15. Journée | 31.10.2009 | Jahn Regensburg | - | FC Carl Zeiss Jena | 1:1 |  |
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| 16. Journée | 07.11.2009 | FC Carl Zeiss Jena | - | Dynamo Dresden | 0:4 | ||||
| 17. Journée | 21.11.2009 | 1. FC Heidenheim 1846 | - | FC Carl Zeiss Jena | 3:1 | ||||
| 21. Journée | 23.01.2010 | FC Carl Zeiss Jena | - | SV Sandhausen | 0:1 |
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