| 3. Journée | 11.08.2008 | FC Biel/Bienne | - | FC Concordia Basel | 1:1 | ||||
| 4. Journée | 15.08.2008 | FC Concordia Basel | - | FC Locarno | 2:0 | ||||
| 7. Journée | 12.09.2008 | FC Gossau | - | FC Concordia Basel | 0:1 | ||||
| 8. Journée | 27.09.2008 | FC Stade Nyonnais | - | FC Concordia Basel | 0:0 | ||||
| 9. Journée | 03.10.2008 | FC Concordia Basel | - | FC Wohlen | 3:2 | ||||
| 10. Journée | 24.10.2008 | FC Concordia Basel | - | FC La Chaux-de-Fonds | 0:4 | ||||
| 11. Journée | 01.11.2008 | FC Wil 1900 | - | FC Concordia Basel | 2:0 |  |
|||
| 12. Journée | 08.11.2008 | FC Concordia Basel | - | FC Lausanne-Sport | 3:1 | ||||
| 13. Journée | 16.11.2008 | FC Lugano | - | FC Concordia Basel | 2:0 | |
|||
| 14. Journée | 29.11.2008 | FC Concordia Basel | - | FC Winterthur | 3:3 |  |
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| 15. Journée | 08.12.2008 | FC Schaffhausen | - | FC Concordia Basel | 2:4 | ||||
| 22. Journée | 11.04.2009 | FC Concordia Basel | - | FC Stade Nyonnais | 2:1 | ||||
| 23. Journée | 20.04.2009 | FC Wohlen | - | FC Concordia Basel | 2:1 | ||||
| 24. Journée | 23.04.2009 | FC La Chaux-de-Fonds | - | FC Concordia Basel | 2:1 | ||||
| 26. Journée | 02.05.2009 | FC Lausanne-Sport | - | FC Concordia Basel | 2:3 | ||||
| 27. Journée | 11.05.2009 | FC Concordia Basel | - | FC Lugano | 2:3 |
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