| 23. Journée | 17.03.2000 | FC St. Pauli | - | Waldhof Mannheim | 1:1 | ||||
| 24. Journée | 24.03.2000 | Kickers Offenbach | - | FC St. Pauli | 0:1 |  |
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| 25. Journée | 02.04.2000 | FC St. Pauli | - | Fortuna Köln | 0:0 | ||||
| 31. Journée | 12.05.2000 | FC St. Pauli | - | Alemannia Aachen | 2:1 | ||||
| 33. Journée | 21.05.2000 | 1. FC Köln | - | FC St. Pauli | 6:3 |
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