| 1. Journée | 04.08.2012 | TSV 1860 München | - | Jahn Regensburg | 1:0 |  |
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| 2. Journée | 12.08.2012 | Jahn Regensburg | - | MSV Duisburg | 2:0 | ||||
| 3. Journée | 24.08.2012 | Hertha BSC | - | Jahn Regensburg | 2:1 | ||||
| 4. Journée | 02.09.2012 | Jahn Regensburg | - | VfL Bochum | 0:1 |  |
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| 11. Journée | 28.10.2012 | FSV Frankfurt | - | Jahn Regensburg | 3:1 | |
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| 12. Journée | 02.11.2012 | Jahn Regensburg | - | SC Paderborn 07 | 0:2 | ||||
| 13. Journée | 11.11.2012 | FC Ingolstadt 04 | - | Jahn Regensburg | 4:2 | ||||
| 14. Journée | 18.11.2012 | Jahn Regensburg | - | 1. FC Union Berlin | 3:3 | ||||
| 15. Journée | 23.11.2012 | Jahn Regensburg | - | VfR Aalen | 1:3 | ||||
| 30. Journée | 19.04.2013 | Jahn Regensburg | - | FC Ingolstadt 04 | 1:2 | |
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| 33. Journée | 12.05.2013 | Jahn Regensburg | - | 1. FC Kaiserslautern | 1:3 |  |
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