| 4. Journée | 30.08.1998 | FC Boby-sport Brno | - | FK Teplice | 0:3 | ||||
| 6. Journée | 19.09.1998 | FC Boby-sport Brno | - | FC Dukla Pribram | 1:1 | ||||
| 7. Journée | 27.09.1998 | Baník Ostrava | - | FC Boby-sport Brno | 1:0 | ||||
| 8. Journée | 05.10.1998 | Sigma Olomouc | - | FC Boby-sport Brno | 1:1 | ||||
| 9. Journée | 18.10.1998 | FC Boby-sport Brno | - | Viktoria Žižkov | 1:0 |  |
|||
| 10. Journée | 25.10.1998 | FK Jablonec 97 | - | FC Boby-sport Brno | 1:1 | ||||
| 11. Journée | 02.11.1998 | FC Boby-sport Brno | - | AC Sparta Praha | 0:1 | ||||
| 12. Journée | 08.11.1998 | SK Hradec Králové | - | FC Boby-sport Brno | 1:0 | |
|||
| 15. Journée | 30.11.1998 | FC Boby-sport Brno | - | FC Petra Drnovice | 3:2 | ||||
| 26. Journée | 09.05.1999 | AC Sparta Praha | - | FC Boby-sport Brno | 4:1 | |
|||
| 27. Journée | 12.05.1999 | FC Boby-sport Brno | - | SK Hradec Králové | 0:1 | ||||
| 28. Journée | 16.05.1999 | Viktoria Plzeň | - | FC Boby-sport Brno | 2:0 | ||||
| 29. Journée | 22.05.1999 | FC Boby-sport Brno | - | FC Karviná | 4:2 |
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