| 4. Journée | 15.09.2006 | 1. FC Köln | - | Eintracht Braunschweig | 4:1 | ||||
| 5. Journée | 25.09.2006 | 1. FC Köln | - | Rot-Weiss Essen | 1:0 | ||||
| 7. Journée | 16.10.2006 | 1. FC Köln | - | Karlsruher SC | 1:1 | ||||
| 8. Journée | 20.10.2006 | SpVgg Unterhaching | - | 1. FC Köln | 0:0 | ||||
| 9. Journée | 29.10.2006 | 1. FC Köln | - | Hansa Rostock | 2:2 | ||||
| 11. Journée | 08.11.2006 | 1. FC Köln | - | Erzgebirge Aue | 0:1 |  |
|||
| 12. Journée | 12.11.2006 | SC Freiburg | - | 1. FC Köln | 0:0 | ||||
| 13. Journée | 19.11.2006 | 1. FC Köln | - | TSV 1860 München | 1:2 | ||||
| 14. Journée | 26.11.2006 | SpVgg Greuther Fürth | - | 1. FC Köln | 1:2 | ||||
| 15. Journée | 04.12.2006 | 1. FC Köln | - | MSV Duisburg | 1:3 | ||||
| 16. Journée | 10.12.2006 | Kickers Offenbach | - | 1. FC Köln | 2:0 | |
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| 17. Journée | 15.12.2006 | 1. FC Köln | - | 1. FC Kaiserslautern | 2:2 |  |
|||
| 20. Journée | 04.02.2007 | 1. FC Köln | - | FC Carl Zeiss Jena | 1:0 |
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