| Kat. Sup. | 08.09.16 | FK Vllaznia | - | FK Kukësi | 0:0 | ||||
| Kat. Sup. | 01.10.16 | FK Kukësi | - | FK Partizani | 1:0 |  |
|||
| Kat. Sup. | 30.11.16 | FK Kukësi | - | KF Laçi | 2:0 | ||||
| Kat. Sup. | 11.02.17 | KF Tiranë | - | FK Kukësi | 1:2 | |
|||
| Kat. Sup. | 05.03.17 | Flamurtari Vlorë | - | FK Kukësi | 1:1 |  |
|||
| Kat. Sup. | 02.04.17 | FK Kukësi | - | Luftëtari Gjirokastër | 3:2 | |
|||
| Kat. Sup. | 20.05.17 | FK Kukësi | - | KF Skënderbeu | 2:0 | |
|
Croatie