| 3. Journée | 11.08.2024 | TSV Havelse | - | FC St. Pauli II | 3:1 | ||||
| 4. Journée | 18.08.2024 | FC St. Pauli II | - | Eintracht Norderstedt | 1:1 |  |
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| 6. Journée | 25.08.2024 | FC St. Pauli II | - | 1. FC Phönix Lübeck | 3:5 | ||||
| 7. Journée | 30.08.2024 | Kickers Emden | - | FC St. Pauli II | 0:1 |  |
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| 9. Journée | 14.09.2024 | VfB Oldenburg | - | FC St. Pauli II | 4:0 | ||||
| 24. Journée | 02.03.2025 | FC St. Pauli II | - | Kickers Emden | 1:0 | |
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| 26. Journée | 14.03.2025 | FC St. Pauli II | - | VfB Oldenburg | 2:2 | |
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| 22. Journée | 19.03.2025 | FC St. Pauli II | - | FC Teutonia 05 | 1:0 | ||||
| 20. Journée | 26.03.2025 | FC St. Pauli II | - | TSV Havelse | 1:0 | ||||
| 29. Journée | 06.04.2025 | SV Meppen | - | FC St. Pauli II | 2:0 | ||||
| 30. Journée | 12.04.2025 | Hamburger SV II | - | FC St. Pauli II | 4:2 | |
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| 27. Journée | 17.04.2025 | Werder Bremen II | - | FC St. Pauli II | 3:1 | ||||
| 31. Journée | 27.04.2025 | FC St. Pauli II | - | Holstein Kiel II | 3:0 |
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