| 25. Journée | 12.03.2016 | FK Torpedo Armavir | - | FK Tom Tomsk | 1:1 | ||||
| 26. Journée | 16.03.2016 | Gazovik Orenburg | - | FK Tom Tomsk | 1:0 | ||||
| 27. Journée | 20.03.2016 | FK Tom Tomsk | - | Shinnik Yaroslavl | 1:1 | ||||
| 28. Journée | 27.03.2016 | Volgar Astrakhan | - | FK Tom Tomsk | 1:1 | ||||
| 29. Journée | 03.04.2016 | FK Tom Tomsk | - | Enisey Krasnoyarsk | 2:1 | ||||
| 30. Journée | 07.04.2016 | FK Tyumen | - | FK Tom Tomsk | 1:1 |  |
|||
| 31. Journée | 11.04.2016 | FK Tom Tomsk | - | Luch-Energiya Vladivostok | 0:2 | ||||
| 32. Journée | 18.04.2016 | SKA-Energiya Khabarovsk | - | FK Tom Tomsk | 1:0 | ||||
| 33. Journée | 25.04.2016 | FK Tom Tomsk | - | Sokol Saratov | 2:1 | ||||
| 34. Journée | 02.05.2016 | Volga Nizhniy Novgorod | - | FK Tom Tomsk | 3:2 | ||||
| 36. Journée | 10.05.2016 | Baltika Kaliningrad | - | FK Tom Tomsk | 0:3 | ||||
| 37. Journée | 15.05.2016 | FK Tom Tomsk | - | FK Kamaz | 2:0 | ||||
| 38. Journée | 21.05.2016 | Spartak Moskva 2 | - | FK Tom Tomsk | 0:1 |
Russie