| 8. Journée | 15.10.2016 | Eintracht Braunschweig [A-jeun] | - | FC Carl Zeiss Jena [A-jeun] | 5:0 | ||||
| 12. Journée | 19.11.2016 | Werder Bremen [A-jeun] | - | FC Carl Zeiss Jena [A-jeun] | 1:1 | ||||
| 13. Journée | 26.11.2016 | FC Carl Zeiss Jena [A-jeun] | - | RB Leipzig [A-jeun] | 1:4 | ||||
| 14. Journée | 03.12.2016 | FC St. Pauli [A-jeun] | - | FC Carl Zeiss Jena [A-jeun] | 0:1 | ||||
| 15. Journée | 10.12.2016 | FC Carl Zeiss Jena [A-jeun] | - | VfL Osnabrück [A-jeun] | 2:1 | ||||
| 16. Journée | 04.02.2017 | Hertha BSC [A-jeun] | - | FC Carl Zeiss Jena [A-jeun] | 5:2 | ||||
| 18. Journée | 19.02.2017 | Hamburger SV [A-jeun] | - | FC Carl Zeiss Jena [A-jeun] | 2:0 |  |
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| 19. Journée | 26.02.2017 | FC Carl Zeiss Jena [A-jeun] | - | Holstein Kiel [A-jeun] | 1:2 | ||||
| 20. Journée | 04.03.2017 | Dynamo Dresden [A-jeun] | - | FC Carl Zeiss Jena [A-jeun] | 2:2 | ||||
| 21. Journée | 11.03.2017 | FC Carl Zeiss Jena [A-jeun] | - | Eintracht Braunschweig [A-jeun] | 1:2 | ||||
| 26. Journée | 06.05.2017 | RB Leipzig [A-jeun] | - | FC Carl Zeiss Jena [A-jeun] | 5:1 |
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