| 1. Journée | 16.08.2008 | FC Oberneuland | - | Altona 93 | 2:1 | ||||
| 2. Journée | 24.08.2008 | Altona 93 | - | Chemnitzer FC | 4:3 | ||||
| 4. Journée | 13.09.2008 | Altona 93 | - | Holstein Kiel | 1:6 | ||||
| 5. Journée | 19.09.2008 | SV Babelsberg 03 | - | Altona 93 | 2:0 | ||||
| 11. Journée | 02.11.2008 | Sachsen Leipzig | - | Altona 93 | 1:3 |  |
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| 12. Journée | 09.11.2008 | Altona 93 | - | VfB Lübeck | 0:0 | |
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| 13. Journée | 15.11.2008 | SV Wilhelmshaven | - | Altona 93 | 4:1 | ||||
| 15. Journée | 29.11.2008 | Energie Cottbus II | - | Altona 93 | 1:1 | ||||
| 18. Journée | 20.12.2008 | Altona 93 | - | FC Oberneuland | 1:0 | ||||
| 21. Journée | 07.03.2009 | Holstein Kiel | - | Altona 93 | 4:0 | ||||
| 23. Journée | 21.03.2009 | Hallescher FC | - | Altona 93 | 2:0 | ||||
| 24. Journée | 28.03.2009 | Altona 93 | - | Hamburger SV II | 1:3 |  |
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| 27. Journée | 26.04.2009 | VFC Plauen | - | Altona 93 | 4:1 | ||||
| 28. Journée | 02.05.2009 | Altona 93 | - | Sachsen Leipzig | 2:1 | |
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| 29. Journée | 09.05.2009 | VfB Lübeck | - | Altona 93 | 2:0 | |
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| 30. Journée | 13.05.2009 | Altona 93 | - | SV Wilhelmshaven | 2:0 | ||||
| 33. Journée | 30.05.2009 | Altona 93 | - | Hansa Rostock II | 2:2 | |
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