| 1. Journée | 08.08.2011 | 1. FC Nürnberg II | - | Bayern München II | 2:2 | ||||
| 2. Journée | 12.08.2011 | Bayern München II | - | FC Memmingen | 0:0 | ||||
| 3. Journée | 19.08.2011 | Bayern München II | - | Karlsruher SC II | 2:5 | ||||
| 6. Journée | 07.09.2011 | SC Freiburg II | - | Bayern München II | 2:1 | ||||
| 8. Journée | 18.09.2011 | FSV Frankfurt II | - | Bayern München II | 5:0 | ||||
| 9. Journée | 25.09.2011 | Bayern München II | - | Eintracht Frankfurt II | 1:2 | ||||
| 11. Journée | 04.10.2011 | Bayern München II | - | TSV 1860 München II | 1:2 | ||||
| 15. Journée | 28.10.2011 | Bayern München II | - | SC Pfullendorf | 4:1 | ||||
| 16. Journée | 06.11.2011 | FC Ingolstadt 04 II | - | Bayern München II | 1:0 | ||||
| 17. Journée | 13.11.2011 | Bayern München II | - | Stuttgarter Kickers | 1:2 | ||||
| 34. Journée | 19.05.2012 | Stuttgarter Kickers | - | Bayern München II | 2:0 |
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