| 2. Journée | 06.08.2016 | SC Paderborn 07 | - | 1. FSV Mainz 05 II | 3:1 | ||||
| 3. Journée | 09.08.2016 | 1. FC Magdeburg | - | SC Paderborn 07 | 3:0 |  |
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| 4. Journée | 13.08.2016 | SC Paderborn 07 | - | Werder Bremen II | 1:2 | ||||
| 5. Journée | 27.08.2016 | SV Wehen Wiesbaden | - | SC Paderborn 07 | 1:2 | |
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| 7. Journée | 17.09.2016 | Rot-Weiß Erfurt | - | SC Paderborn 07 | 1:3 | ||||
| 9. Journée | 24.09.2016 | Jahn Regensburg | - | SC Paderborn 07 | 3:0 | ||||
| 12. Journée | 22.10.2016 | SC Paderborn 07 | - | Hallescher FC | 0:0 | ||||
| 13. Journée | 29.10.2016 | FSV Frankfurt | - | SC Paderborn 07 | 3:0 | ||||
| 16. Journée | 26.11.2016 | SC Paderborn 07 | - | Fortuna Köln | 1:1 | ||||
| 17. Journée | 03.12.2016 | FSV Zwickau | - | SC Paderborn 07 | 3:0 | |
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| 23. Journée | 18.02.2017 | Werder Bremen II | - | SC Paderborn 07 | 1:0 | ||||
| 24. Journée | 24.02.2017 | SC Paderborn 07 | - | SV Wehen Wiesbaden | 0:1 |
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