| 1. Journée | 04.08.1999 | SV Darmstadt 98 | - | Bayern München II | 3:1 |  |
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| 3. Journée | 14.08.1999 | Karlsruher SC II | - | Bayern München II | 1:2 | ||||
| 4. Journée | 20.08.1999 | Bayern München II | - | TSV 1860 München II | 1:3 | ||||
| 5. Journée | 28.08.1999 | FC Augsburg | - | Bayern München II | 0:2 |  |
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| 6. Journée | 31.08.1999 | Bayern München II | - | Borussia Fulda | 7:1 | ||||
| 7. Journée | 08.09.1999 | 1. FC Schweinfurt 05 | - | Bayern München II | 4:1 | ||||
| 8. Journée | 12.09.1999 | Bayern München II | - | VfR Aalen | 3:2 | |
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| 9. Journée | 17.09.1999 | SV Wehen-Taunusstein | - | Bayern München II | 2:0 |  |
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| 10. Journée | 27.09.1999 | Bayern München II | - | SV Lohhof | 4:2 | ||||
| 11. Journée | 03.10.1999 | TSF Ditzingen | - | Bayern München II | 0:0 | ||||
| 12. Journée | 09.10.1999 | Bayern München II | - | VfR Mannheim | 2:2 |
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