| 1er tour | 18.09.2008 | FK Moskva | - | FC København | 1:2 | ||||
| 1er tour | 02.10.2008 | FC København | - | FK Moskva | 1:1 | ||||
| Groupe G | 23.10.2008 | FC København | - | AS Saint-Étienne | 1:3 | ||||
| Groupe G | 06.11.2008 | Valencia CF | - | FC København | 1:1 | ||||
| Groupe G | 04.12.2008 | FC København | - | Rosenborg BK | 1:1 | ||||
| Groupe G | 17.12.2008 | Club Brugge KV | - | FC København | 0:1 | ||||
| 3e tour | 19.02.2009 | FC København | - | Manchester City | 2:2 | ||||
| 3e tour | 26.02.2009 | Manchester City | - | FC København | 2:1 |  |
Suède