| 2. Journée | 02.08.2008 | FC Lausanne-Sport | - | FC Thun | 3:1 |  |
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| 3. Journée | 10.08.2008 | FC Thun | - | FC Lugano | 4:4 | ||||
| 4. Journée | 15.08.2008 | FC Winterthur | - | FC Thun | 1:3 | ||||
| 5. Journée | 23.08.2008 | FC Thun | - | FC Schaffhausen | 0:3 |  |
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| 7. Journée | 14.09.2008 | FC Thun | - | FC St. Gallen | 4:2 | ||||
| 8. Journée | 27.09.2008 | FC Wohlen | - | FC Thun | 2:2 | |
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| 9. Journée | 06.10.2008 | FC Thun | - | FC Gossau | 4:1 | |
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| 10. Journée | 25.10.2008 | FC Stade Nyonnais | - | FC Thun | 0:2 | |
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| 11. Journée | 03.11.2008 | FC Thun | - | Yverdon Sport FC | 2:4 | ||||
| 12. Journée | 09.11.2008 | FC Biel/Bienne | - | FC Thun | 3:2 | ||||
| 13. Journée | 15.11.2008 | FC Thun | - | FC Locarno | 2:1 | |
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| 14. Journée | 29.11.2008 | Servette FC | - | FC Thun | 4:1 | |
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| 15. Journée | 05.12.2008 | FC Thun | - | FC La Chaux-de-Fonds | 0:4 |
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