| 21. Journée | 17.01.2009 | OGC Nice | - | AJ Auxerre | 2:0 | ||||
| 22. Journée | 31.01.2009 | AJ Auxerre | - | FC Lorient | 0:0 | ||||
| 23. Journée | 07.02.2009 | AS Nancy Lorraine | - | AJ Auxerre | 0:2 | ||||
| 24. Journée | 14.02.2009 | AJ Auxerre | - | Lille OSC | 2:0 | ||||
| 25. Journée | 21.02.2009 | Havre AC | - | AJ Auxerre | 1:2 | ||||
| 26. Journée | 28.02.2009 | AJ Auxerre | - | Toulouse FC | 1:1 | ||||
| 27. Journée | 08.03.2009 | Stade Rennais | - | AJ Auxerre | 2:0 | ||||
| 28. Journée | 15.03.2009 | Olympique Lyonnais | - | AJ Auxerre | 0:2 | ||||
| 29. Journée | 21.03.2009 | AJ Auxerre | - | Le Mans UC 72 | 2:0 | ||||
| 30. Journée | 04.04.2009 | Valenciennes FC | - | AJ Auxerre | 2:0 | ||||
| 31. Journée | 11.04.2009 | AJ Auxerre | - | Girondins Bordeaux | 0:2 | ||||
| 32. Journée | 18.04.2009 | FC Sochaux | - | AJ Auxerre | 0:1 | ||||
| 33. Journée | 26.04.2009 | AJ Auxerre | - | SM Caen | 2:1 | ||||
| 34. Journée | 02.05.2009 | AS Monaco | - | AJ Auxerre | 0:1 | ||||
| 35. Journée | 13.05.2009 | AJ Auxerre | - | Grenoble Foot 38 | 2:0 | ||||
| 36. Journée | 16.05.2009 | Paris Saint-Germain | - | AJ Auxerre | 1:2 | ||||
| 37. Journée | 23.05.2009 | AJ Auxerre | - | AS Saint-Étienne | 1:0 | ||||
| 38. Journée | 30.05.2009 | FC Nantes | - | AJ Auxerre | 2:1 |
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