| 2. Journée | 17.07.2021 | FK Tom Tomsk | - | Baltika Kaliningrad | 1:0 | ||||
| 4. Journée | 31.07.2021 | Veles Moskva | - | FK Tom Tomsk | 1:0 |  |
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| 5. Journée | 08.08.2021 | FK Tom Tomsk | - | FK Orenburg | 1:2 | ||||
| 6. Journée | 15.08.2021 | FK Tom Tomsk | - | Akron Tolyatti | 2:1 | ||||
| 7. Journée | 21.08.2021 | FK Neftekhimik | - | FK Tom Tomsk | 0:1 | ||||
| 8. Journée | 29.08.2021 | FK Tom Tomsk | - | Rotor Volgograd | 1:1 | |
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| 9. Journée | 05.09.2021 | FK Kamaz | - | FK Tom Tomsk | 2:1 | ||||
| 10. Journée | 11.09.2021 | FK Krasnodar 2 | - | FK Tom Tomsk | 2:1 | ||||
| 11. Journée | 15.09.2021 | Torpedo Moskva | - | FK Tom Tomsk | 3:3 | ||||
| 15. Journée | 03.10.2021 | FK Tom Tomsk | - | Alania Vladikavkaz | 1:3 | ||||
| 16. Journée | 09.10.2021 | Tekstilshchik Ivanovo | - | FK Tom Tomsk | 1:1 | ||||
| 20. Journée | 31.10.2021 | Baltika Kaliningrad | - | FK Tom Tomsk | 4:0 | ||||
| 21. Journée | 06.11.2021 | FK Tom Tomsk | - | Fakel Voronezh | 2:2 | ||||
| 22. Journée | 13.11.2021 | FK Tom Tomsk | - | Veles Moskva | 1:0 | ||||
| 23. Journée | 17.11.2021 | FK Orenburg | - | FK Tom Tomsk | 2:1 | ||||
| 25. Journée | 27.11.2021 | FK Tom Tomsk | - | FK Neftekhimik | 1:1 |
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