| 10. Journée | 19.09.2020 | FK Tom Tomsk | - | Volgar Astrakhan | 1:3 | ||||
| 15. Journée | 13.10.2020 | FK Krasnodar 2 | - | FK Tom Tomsk | 2:0 | ||||
| 16. Journée | 17.10.2020 | FK Tom Tomsk | - | Baltika Kaliningrad | 0:1 | ||||
| 17. Journée | 24.10.2020 | Veles Moskva | - | FK Tom Tomsk | 0:0 |  |
|||
| 18. Journée | 28.10.2020 | FK Tom Tomsk | - | SKA-Khabarovsk | 1:2 | ||||
| 24. Journée | 25.11.2020 | Irtysh Omsk | - | FK Tom Tomsk | 1:0 | ||||
| 26. Journée | 05.12.2020 | FK Neftekhimik | - | FK Tom Tomsk | 2:0 | ||||
| 28. Journée | 06.03.2021 | Tekstilshchik Ivanovo | - | FK Tom Tomsk | 1:1 | ||||
| 30. Journée | 14.03.2021 | Volgar Astrakhan | - | FK Tom Tomsk | 2:1 | ||||
| 32. Journée | 24.03.2021 | Shinnik Yaroslavl | - | FK Tom Tomsk | 2:3 | ||||
| 35. Journée | 07.04.2021 | FK Tom Tomsk | - | FK Krasnodar 2 | 1:1 | ||||
| 37. Journée | 17.04.2021 | FK Tom Tomsk | - | Veles Moskva | 0:0 | ||||
| 40. Journée | 02.05.2021 | FK Orenburg | - | FK Tom Tomsk | 2:0 |
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