| 3. Journée | 17.08.2012 | 1. FC Eschborn | - | SC Freiburg II | 1:1 | ||||
| 5. Journée | 26.08.2012 | FC 08 Homburg | - | SC Freiburg II | 2:0 | ||||
| 7. Journée | 05.09.2012 | FSV Frankfurt II | - | SC Freiburg II | 1:0 | ||||
| 9. Journée | 14.09.2012 | SC 07 Idar-Oberstein | - | SC Freiburg II | 2:4 |  |
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| 12. Journée | 05.10.2012 | Waldhof Mannheim | - | SC Freiburg II | 0:0 | ||||
| 13. Journée | 13.10.2012 | Hessen Kassel | - | SC Freiburg II | 2:3 | ||||
| 15. Journée | 27.10.2012 | Bayern Alzenau | - | SC Freiburg II | 1:3 | ||||
| 16. Journée | 03.11.2012 | SC Freiburg II | - | 1. FC Kaiserslautern II | 1:1 | |
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| 17. Journée | 09.11.2012 | SG Sonnenhof Großaspach | - | SC Freiburg II | 5:0 | ||||
| 20. Journée | 01.12.2012 | SC Freiburg II | - | SC Pfullendorf | 3:0 | |
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| 27. Journée | 23.03.2013 | Wormatia Worms | - | SC Freiburg II | 3:2 | |
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| 25. Journée | 24.04.2013 | Eintracht Frankfurt II | - | SC Freiburg II | 1:0 | ||||
| 37. Journée | 18.05.2013 | SSV Ulm 1846 | - | SC Freiburg II | 0:3 | ||||
| 38. Journée | 25.05.2013 | SC Freiburg II | - | 1899 Hoffenheim II | 4:2 | |
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