| 18. Journée | 20.12.2008 | SC Freiburg II | - | Viktoria Aschaffenburg | 1:3 | ||||
| 20. Journée | 28.02.2009 | SC Freiburg II | - | Waldhof Mannheim | 1:0 | ||||
| 21. Journée | 08.03.2009 | Eintracht Frankfurt II | - | SC Freiburg II | 1:2 | ||||
| 22. Journée | 14.03.2009 | SC Freiburg II | - | SSV Reutlingen | 2:3 | ||||
| 23. Journée | 21.03.2009 | 1. FC Heidenheim 1846 | - | SC Freiburg II | 5:1 | ||||
| 24. Journée | 28.03.2009 | SC Freiburg II | - | TSV Großbardorf | 3:0 |  |
 |
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| 25. Journée | 03.04.2009 | SV Darmstadt 98 | - | SC Freiburg II | 0:0 | ||||
| 26. Journée | 18.04.2009 | SC Freiburg II | - | SV Wehen Wiesbaden II | 3:1 | ||||
| 28. Journée | 02.05.2009 | SC Freiburg II | - | Karlsruher SC II | 1:0 | |
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| 29. Journée | 09.05.2009 | 1. FC Nürnberg II | - | SC Freiburg II | 3:0 | ||||
| 30. Journée | 12.05.2009 | SC Freiburg II | - | SC Pfullendorf | 4:2 | ||||
| 31. Journée | 16.05.2009 | SSV Ulm 1846 | - | SC Freiburg II | 3:1 | ||||
| 32. Journée | 23.05.2009 | SC Freiburg II | - | 1. FC Eintracht Bamberg | 5:0 | |
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