| 3. Journée | 30.08.2008 | TSV 1860 München [B-jeun] | - | 1. FSV Mainz 05 [B-jeun] | 3:1 |  |
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| 4. Journée | 14.09.2008 | 1. FSV Mainz 05 [B-jeun] | - | SSV Ulm 1846 [B-jeun] | 1:1 | ||||
| 5. Journée | 28.09.2008 | 1. FSV Mainz 05 [B-jeun] | - | Kickers Offenbach [B-jeun] | 2:0 | ||||
| 21. Journée | 08.10.2008 | 1. FSV Mainz 05 [B-jeun] | - | Eintracht Frankfurt [B-jeun] | 1:1 | ||||
| 14. Journée | 11.10.2008 | 1. FSV Mainz 05 [B-jeun] | - | Karlsruher SC [B-jeun] | 2:1 | ||||
| 7. Journée | 26.10.2008 | 1. FSV Mainz 05 [B-jeun] | - | 1. FC Kaiserslautern [B-jeun] | 0:2 | ||||
| 8. Journée | 01.11.2008 | Eintracht Frankfurt [B-jeun] | - | 1. FSV Mainz 05 [B-jeun] | 4:2 | ||||
| 9. Journée | 09.11.2008 | 1. FSV Mainz 05 [B-jeun] | - | 1. FC Nürnberg [B-jeun] | 2:2 | |
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| 10. Journée | 15.11.2008 | Bayern München [B-jeun] | - | 1. FSV Mainz 05 [B-jeun] | 2:1 | ||||
| 13. Journée | 14.12.2008 | 1. FSV Mainz 05 [B-jeun] | - | SpVgg Greuther Fürth [B-jeun] | 0:0 |
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