| 17. Journée | 03.03.2024 | AC Sparta Praha B | - | 1. SK Prostějov | 4:0 | ||||
| 18. Journée | 09.03.2024 | 1. SK Prostějov | - | Sigma Olomouc B | 2:0 | ||||
| 19. Journée | 15.03.2024 | FC Sellier & Bellot Vlašim | - | 1. SK Prostějov | 2:1 | ||||
| 20. Journée | 30.03.2024 | 1. SK Prostějov | - | MFK Chrudim | 2:4 | ||||
| 23. Journée | 17.04.2024 | 1. SK Prostějov | - | MFK Vyškov | 0:1 | ||||
| 24. Journée | 21.04.2024 | FK Varnsdorf | - | 1. SK Prostějov | 5:1 |  |
|||
| 27. Journée | 08.05.2024 | 1. SK Prostějov | - | FK Příbram | 2:1 | ||||
| 28. Journée | 12.05.2024 | FK Dukla Praha | - | 1. SK Prostějov | 3:2 | ||||
| 29. Journée | 19.05.2024 | 1. SK Prostějov | - | SFC Opava | 3:1 |
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