| 3. Journée | 06.08.2005 | VfB Lübeck | - | 1. FC Köln II | 4:1 | ||||
| 8. Journée | 10.09.2005 | 1. FC Köln II | - | Hertha BSC II | 1:5 | ||||
| 11. Journée | 24.09.2005 | FC Carl Zeiss Jena | - | 1. FC Köln II | 2:1 | ||||
| 15. Journée | 29.10.2005 | Rot-Weiss Essen | - | 1. FC Köln II | 3:1 |  |
|||
| 17. Journée | 12.11.2005 | 1. FC Köln II | - | FC St. Pauli | 1:2 | ||||
| 18. Journée | 19.11.2005 | Hamburger SV II | - | 1. FC Köln II | 0:1 | ||||
| 20. Journée | 03.12.2005 | 1. FC Köln II | - | Rot-Weiß Erfurt | 1:1 | ||||
| 21. Journée | 10.12.2005 | Kickers Emden | - | 1. FC Köln II | 3:0 | ||||
| 23. Journée | 11.02.2006 | Fortuna Düsseldorf | - | 1. FC Köln II | 2:0 | ||||
| 27. Journée | 11.04.2006 | Hertha BSC II | - | 1. FC Köln II | 3:1 | ||||
| 32. Journée | 15.04.2006 | 1. FC Köln II | - | VfL Osnabrück | 0:0 | ||||
| 33. Journée | 22.04.2006 | SG Wattenscheid 09 | - | 1. FC Köln II | 4:2 |  |
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| 34. Journée | 29.04.2006 | 1. FC Köln II | - | Rot-Weiss Essen | 1:1 | ||||
| 36. Journée | 12.05.2006 | FC St. Pauli | - | 1. FC Köln II | 3:1 | |
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| 37. Journée | 20.05.2006 | 1. FC Köln II | - | Hamburger SV II | 0:3 | ||||
| 38. Journée | 27.05.2006 | Werder Bremen II | - | 1. FC Köln II | 2:2 |
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