| 21. Journée | 05.02.2017 | 1. FC Magdeburg | - | FSV Zwickau | 1:1 | ||||
| 23. Journée | 18.02.2017 | 1. FC Magdeburg | - | VfL Osnabrück | 3:0 | ||||
| 24. Journée | 24.02.2017 | MSV Duisburg | - | 1. FC Magdeburg | 0:0 | ||||
| 25. Journée | 04.03.2017 | 1. FC Magdeburg | - | 1. FSV Mainz 05 II | 1:2 | ||||
| 26. Journée | 10.03.2017 | 1. FC Magdeburg | - | Preußen Münster | 1:0 | ||||
| 27. Journée | 14.03.2017 | Werder Bremen II | - | 1. FC Magdeburg | 0:1 | ||||
| 28. Journée | 19.03.2017 | 1. FC Magdeburg | - | SV Wehen Wiesbaden | 0:0 | ||||
| 29. Journée | 25.03.2017 | Holstein Kiel | - | 1. FC Magdeburg | 1:1 | ||||
| 30. Journée | 01.04.2017 | 1. FC Magdeburg | - | Rot-Weiß Erfurt | 2:0 |  |
|||
| 31. Journée | 04.04.2017 | Chemnitzer FC | - | 1. FC Magdeburg | 1:1 | ||||
| 32. Journée | 09.04.2017 | 1. FC Magdeburg | - | Jahn Regensburg | 1:2 | ||||
| 33. Journée | 15.04.2017 | Hansa Rostock | - | 1. FC Magdeburg | 1:1 | ||||
| 34. Journée | 22.04.2017 | 1. FC Magdeburg | - | SG Sonnenhof Großaspach | 2:1 | ||||
| 35. Journée | 29.04.2017 | Hallescher FC | - | 1. FC Magdeburg | 1:1 | ||||
| 36. Journée | 06.05.2017 | 1. FC Magdeburg | - | FSV Frankfurt | 1:1 | ||||
| 38. Journée | 20.05.2017 | 1. FC Magdeburg | - | Sportfreunde Lotte | 2:0 |  |
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