| 10. Journée | 21.11.1998 | Panathinaikos | - | Iraklis Saloniki | 3:2 |  |
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| 11. Journée | 29.11.1998 | Iraklis Saloniki | - | Ethnikos Piraeus | 4:0 | |
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| 16. Journée | 23.01.1999 | Iraklis Saloniki | - | Apollon Smyrnis | 2:0 | ||||
| 17. Journée | 30.01.1999 | Panelefsiniakos Elefsinas | - | Iraklis Saloniki | 0:0 | |
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| 18. Journée | 07.02.1999 | Iraklis Saloniki | - | Veria FC | 2:0 | ||||
| 19. Journée | 14.02.1999 | OFI Heraklion | - | Iraklis Saloniki | 3:1 | ||||
| 20. Journée | 21.02.1999 | Iraklis Saloniki | - | Paniliakos Pyrgos | 3:1 | ||||
| 21. Journée | 28.02.1999 | Iraklis Saloniki | - | AO Proodeftiki | 0:1 | ||||
| 28. Journée | 02.05.1999 | Ethnikos Piraeus | - | Iraklis Saloniki | 1:2 | ||||
| 29. Journée | 08.05.1999 | Panionios GSS | - | Iraklis Saloniki | 3:2 | |
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| 32. Journée | 19.05.1999 | Iraklis Saloniki | - | AEK Athen | 2:3 | ||||
| 34. Journée | 30.05.1999 | Iraklis Saloniki | - | Panelefsiniakos Elefsinas | 2:3 |
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