| 1. Journée | 30.07.1999 | Wacker Burghausen | - | TSF Ditzingen | 1:0 | ||||
| 2. Journée | 08.08.1999 | Bayern München II | - | Wacker Burghausen | 1:1 |  |
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| 3. Journée | 14.08.1999 | Wacker Burghausen | - | SSV Reutlingen | 0:1 | |
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| 4. Journée | 22.08.1999 | VfB Stuttgart II | - | Wacker Burghausen | 1:0 | ||||
| 7. Journée | 04.09.1999 | Wacker Burghausen | - | SC Pfullendorf | 1:2 | |
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| 8. Journée | 11.09.1999 | SV Darmstadt 98 | - | Wacker Burghausen | 2:2 |  |
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| 10. Journée | 24.09.1999 | Wacker Burghausen | - | Karlsruher SC II | 1:4 | |
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| 11. Journée | 03.10.1999 | TSV 1860 München II | - | Wacker Burghausen | 3:3 | |
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| 12. Journée | 07.10.1999 | Wacker Burghausen | - | FC Augsburg | 1:1 | |
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| 13. Journée | 16.10.1999 | Borussia Fulda | - | Wacker Burghausen | 0:1 | ||||
| 14. Journée | 23.10.1999 | Wacker Burghausen | - | 1. FC Schweinfurt 05 | 2:0 | ||||
| 15. Journée | 30.10.1999 | VfR Aalen | - | Wacker Burghausen | 2:4 | ||||
| 16. Journée | 05.11.1999 | Wacker Burghausen | - | SV Wehen-Taunusstein | 1:1 | ||||
| 17. Journée | 13.11.1999 | SV Lohhof | - | Wacker Burghausen | 0:2 | ||||
| 18. Journée | 21.11.1999 | TSF Ditzingen | - | Wacker Burghausen | 0:0 | ||||
| 20. Journée | 04.12.1999 | SSV Reutlingen | - | Wacker Burghausen | 5:1 |  |
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