| 1. Journée | 01.08.2003 | Borussia Dortmund II | - | SC Paderborn 07 | 0:1 | ||||
| 2. Journée | 09.08.2003 | SC Paderborn 07 | - | Sachsen Leipzig | 2:1 | ||||
| 3. Journée | 16.08.2003 | 1. FC Köln II | - | SC Paderborn 07 | 0:1 | ||||
| 4. Journée | 22.08.2003 | SC Paderborn 07 | - | Werder Bremen II | 1:1 | ||||
| 5. Journée | 30.08.2003 | VfR Neumünster | - | SC Paderborn 07 | 1:3 | ||||
| 6. Journée | 06.09.2003 | SC Paderborn 07 | - | KFC Uerdingen 05 | 1:1 | ||||
| 7. Journée | 13.09.2003 | Eintracht Braunschweig | - | SC Paderborn 07 | 2:0 | ||||
| 8. Journée | 20.09.2003 | SC Paderborn 07 | - | SG Wattenscheid 09 | 3:2 | ||||
| 9. Journée | 27.09.2003 | FC St. Pauli | - | SC Paderborn 07 | 2:0 | ||||
| 10. Journée | 04.10.2003 | SC Paderborn 07 | - | Dynamo Dresden | 1:1 | ||||
| 11. Journée | 11.10.2003 | Wuppertaler SV | - | SC Paderborn 07 | 0:3 | ||||
| 12. Journée | 18.10.2003 | SC Paderborn 07 | - | Hamburger SV II | 0:0 | ||||
| 13. Journée | 24.10.2003 | Holstein Kiel | - | SC Paderborn 07 | 1:1 | ||||
| 14. Journée | 02.11.2003 | SC Paderborn 07 | - | Rot-Weiss Essen | 2:1 | ||||
| 15. Journée | 08.11.2003 | Chemnitzer FC | - | SC Paderborn 07 | 1:2 | ||||
| 16. Journée | 15.11.2003 | Preußen Münster | - | SC Paderborn 07 | 3:1 |
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