| 5. Journée | 27.08.2006 | Bayern München II | - | SV 07 Elversberg | 4:4 | ||||
| 7. Journée | 10.09.2006 | Bayern München II | - | VfR Aalen | 2:2 | ||||
| 14. Journée | 04.11.2006 | SV Wehen-Taunusstein | - | Bayern München II | 1:0 | ||||
| 16. Journée | 11.11.2006 | Bayern München II | - | TSV 1860 München II | 1:1 | ||||
| 23. Journée | 09.03.2007 | Bayern München II | - | Sportfreunde Siegen | 0:1 | ||||
| 26. Journée | 07.04.2007 | Karlsruher SC II | - | Bayern München II | 1:1 | ||||
| 27. Journée | 13.04.2007 | Bayern München II | - | FK Pirmasens | 1:2 | ||||
| 32. Journée | 19.05.2007 | FC Ingolstadt 04 | - | Bayern München II | 1:0 | ||||
| 33. Journée | 26.05.2007 | TSV 1860 München II | - | Bayern München II | 1:1 | ||||
| 34. Journée | 02.06.2007 | Bayern München II | - | SV Darmstadt 98 | 2:0 |  |
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