| 6. Journée | 31.08.1999 | Bayern München II | - | Borussia Fulda | 7:1 | ||||
| 7. Journée | 08.09.1999 | 1. FC Schweinfurt 05 | - | Bayern München II | 4:1 | ||||
| 8. Journée | 12.09.1999 | Bayern München II | - | VfR Aalen | 3:2 | ||||
| 10. Journée | 27.09.1999 | Bayern München II | - | SV Lohhof | 4:2 |  |
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| 11. Journée | 03.10.1999 | TSF Ditzingen | - | Bayern München II | 0:0 | ||||
| 14. Journée | 24.10.1999 | VfB Stuttgart II | - | Bayern München II | 3:0 | ||||
| 20. Journée | 05.12.1999 | Bayern München II | - | Karlsruher SC II | 0:1 | ||||
| 18. Journée | 11.12.1999 | Bayern München II | - | SV Darmstadt 98 | 1:2 |  |
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| 23. Journée | 17.03.2000 | Borussia Fulda | - | Bayern München II | 1:0 | ||||
| 32. Journée | 17.05.2000 | FSV Frankfurt | - | Bayern München II | 2:3 | ||||
| 34. Journée | 27.05.2000 | SC Pfullendorf | - | Bayern München II | 0:1 |
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