| 10. Journée | 09.09.2016 | TSV 1860 Rosenheim | - | FC Augsburg II | 3:0 | ||||
| 11. Journée | 17.09.2016 | FC Augsburg II | - | VfR Garching | 1:1 |  |
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| 13. Journée | 01.10.2016 | FC Augsburg II | - | SpVgg Greuther Fürth II | 3:2 | ||||
| 15. Journée | 15.10.2016 | SpVgg Bayern Hof | - | FC Augsburg II | 0:4 | ||||
| 9. Journée | 19.10.2016 | FC Augsburg II | - | TSV 1860 München II | 1:0 | |
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| 16. Journée | 22.10.2016 | FC Augsburg II | - | SV Schalding-Heining | 3:0 |  |
|
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| 17. Journée | 29.10.2016 | 1. FC Schweinfurt 05 | - | FC Augsburg II | 1:1 | ||||
| 18. Journée | 05.11.2016 | 1. FC Nürnberg II | - | FC Augsburg II | 1:4 | ||||
| 22. Journée | 04.03.2017 | FC Augsburg II | - | SpVgg Unterhaching | 0:1 |
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