| 11. Journée | 17.09.2016 | FV Illertissen | - | FC Ingolstadt 04 II | 2:5 |  |
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| 12. Journée | 24.09.2016 | FC Ingolstadt 04 II | - | SV Seligenporten | 2:1 | ||||
| 15. Journée | 15.10.2016 | SpVgg Unterhaching | - | FC Ingolstadt 04 II | 5:1 | ||||
| 29. Journée | 09.05.2017 | FC Ingolstadt 04 II | - | Wacker Burghausen | 6:0 | |
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| 33. Journée | 13.05.2017 | FC Ingolstadt 04 II | - | SpVgg Bayern Hof | 7:2 |
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