| 2. Journée | 28.07.2012 | Alemannia Aachen | - | Wacker Burghausen | 3:2 | ||||
| 4. Journée | 07.08.2012 | Borussia Dortmund II | - | Wacker Burghausen | 2:1 | ||||
| 7. Journée | 29.08.2012 | Wacker Burghausen | - | Hansa Rostock | 2:0 | ||||
| 8. Journée | 01.09.2012 | Kickers Offenbach | - | Wacker Burghausen | 1:0 |  |
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| 10. Journée | 22.09.2012 | Karlsruher SC | - | Wacker Burghausen | 1:2 | ||||
| 11. Journée | 26.09.2012 | Wacker Burghausen | - | 1. FC Heidenheim 1846 | 4:1 | ||||
| 12. Journée | 29.09.2012 | Rot-Weiß Erfurt | - | Wacker Burghausen | 0:3 | ||||
| 13. Journée | 06.10.2012 | Wacker Burghausen | - | Hallescher FC | 2:0 | ||||
| 14. Journée | 20.10.2012 | Stuttgarter Kickers | - | Wacker Burghausen | 1:2 | |
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| 15. Journée | 27.10.2012 | Wacker Burghausen | - | VfB Stuttgart II | 1:3 |
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