| 2. Journée | 16.09.2008 | Sassuolo Calcio | - | Pisa Calcio | 3:1 | ||||
| 7. Journée | 04.10.2008 | Pisa Calcio | - | US Triestina | 3:1 |  |
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| 10. Journée | 24.10.2008 | Empoli FC | - | Pisa Calcio | 0:3 | ||||
| 12. Journée | 01.11.2008 | AS Bari | - | Pisa Calcio | 1:0 | ||||
| 20. Journée | 12.01.2009 | Pisa Calcio | - | Rimini Calcio | 1:3 | ||||
| 24. Journée | 07.02.2009 | Modena FC | - | Pisa Calcio | 3:3 | |
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| 29. Journée | 07.03.2009 | Pisa Calcio | - | UC AlbinoLeffe | 2:0 | |
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| 30. Journée | 14.03.2009 | Treviso FBC | - | Pisa Calcio | 0:2 | ||||
| 36. Journée | 18.04.2009 | AS Cittadella | - | Pisa Calcio | 1:0 | ||||
| 38. Journée | 02.05.2009 | Pisa Calcio | - | AC Ancona | 2:0 | ||||
| 39. Journée | 09.05.2009 | Parma FC | - | Pisa Calcio | 2:0 | ||||
| 40. Journée | 15.05.2009 | Pisa Calcio | - | Piacenza Calcio | 1:3 | |
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| 42. Journée | 30.05.2009 | Pisa Calcio | - | Brescia Calcio | 0:1 | |
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