| 15. Journée | 18.02.2012 | RB Leipzig [B-jeun] | - | FC Carl Zeiss Jena [B-jeun] | 1:1 |  |
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| 24. Journée | 25.02.2012 | VfL Wolfsburg [B-jeun] | - | FC Carl Zeiss Jena [B-jeun] | 6:1 |  |
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| 18. Journée | 10.03.2012 | FC Carl Zeiss Jena [B-jeun] | - | Hannover 96 [B-jeun] | 2:2 | |
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| 21. Journée | 18.03.2012 | FC Carl Zeiss Jena [B-jeun] | - | FC St. Pauli [B-jeun] | 1:0 | ||||
| 20. Journée | 31.03.2012 | Hamburger SV [B-jeun] | - | FC Carl Zeiss Jena [B-jeun] | 2:1 | ||||
| 17. Journée | 05.04.2012 | TeBe Berlin [B-jeun] | - | FC Carl Zeiss Jena [B-jeun] | 0:0 | ||||
| 25. Journée | 20.05.2012 | FC Carl Zeiss Jena [B-jeun] | - | Energie Cottbus [B-jeun] | 3:4 | |
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