| 2. Journée | 13.08.2016 | FC St. Pauli | - | Eintracht Braunschweig | 0:2 | ||||
| 5. Journée | 18.09.2016 | Karlsruher SC | - | FC St. Pauli | 1:1 | ||||
| 7. Journée | 26.09.2016 | 1. FC Union Berlin | - | FC St. Pauli | 2:0 | ||||
| 8. Journée | 01.10.2016 | Hannover 96 | - | FC St. Pauli | 2:0 | ||||
| 9. Journée | 14.10.2016 | FC St. Pauli | - | Erzgebirge Aue | 1:2 |  |
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| 10. Journée | 22.10.2016 | SV Sandhausen | - | FC St. Pauli | 3:0 | ||||
| 11. Journée | 31.10.2016 | FC St. Pauli | - | 1. FC Nürnberg | 1:1 | ||||
| 12. Journée | 07.11.2016 | Würzburger Kickers | - | FC St. Pauli | 1:0 | ||||
| 14. Journée | 26.11.2016 | 1. FC Heidenheim 1846 | - | FC St. Pauli | 2:0 | ||||
| 15. Journée | 02.12.2016 | FC St. Pauli | - | 1. FC Kaiserslautern | 0:0 |
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