| 9. Journée | 02.05.2009 | FC Flora | - | JK Tammeka | 2:1 |  |
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| 15. Journée | 13.06.2009 | Paide Linnameeskond | - | FC Flora | 0:6 | |
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| 17. Journée | 20.06.2009 | FC Levadia | - | FC Flora | 3:2 | |
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| 22. Journée | 01.08.2009 | JK Sillamäe Kalev | - | FC Flora | 1:3 | |
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| 14. Journée | 18.08.2009 | FC Flora | - | FC Kuressaare | 3:0 | |
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| 28. Journée | 19.09.2009 | FC Flora | - | JK Nõmme Kalju | 2:2 | |
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| 35. Journée | 07.11.2009 | FC Flora | - | Tulevik Viljandi | 4:1 | |
Estonie