| 1. Journée | 29.07.2006 | Tescoma Zlín | - | 1. FC Slovácko | 1:2 | ||||
| 2. Journée | 05.08.2006 | 1. FC Slovácko | - | FK Mladá Boleslav | 0:2 |  |
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| 3. Journée | 13.08.2006 | FK Teplice | - | 1. FC Slovácko | 3:2 | ||||
| 4. Journée | 21.08.2006 | 1. FC Slovácko | - | Baník Ostrava | 1:2 | ||||
| 5. Journée | 27.08.2006 | Dynamo České Budějovice | - | 1. FC Slovácko | 1:0 | ||||
| 6. Journée | 10.09.2006 | 1. FC Slovácko | - | Slovan Liberec | 0:1 | ||||
| 7. Journée | 17.09.2006 | Slavia Praha | - | 1. FC Slovácko | 0:0 | ||||
| 8. Journée | 23.09.2006 | 1. FC Slovácko | - | 1. FC Brno | 0:0 | |
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| 9. Journée | 01.10.2006 | Sigma Olomouc | - | 1. FC Slovácko | 2:1 | |
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| 10. Journée | 15.10.2006 | FK SIAD Most | - | 1. FC Slovácko | 2:0 | ||||
| 11. Journée | 23.10.2006 | 1. FC Slovácko | - | AC Sparta Praha | 0:1 | ||||
| 12. Journée | 29.10.2006 | SK Kladno | - | 1. FC Slovácko | 2:1 | ||||
| 13. Journée | 04.11.2006 | 1. FC Slovácko | - | Viktoria Plzeň | 0:2 | ||||
| 15. Journée | 18.11.2006 | 1. FC Slovácko | - | FK Jablonec 97 | 1:1 | |
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